modquitto.conf to konfiguracja brokera mqtt.
W tym pliku nigdy nie było żadnych połączeń z HA. W konfiguracji brokera nie definiujesz połączeń z klientami, to klienci łączą się z brokerem a nie broker z klientami. Więc nie bardzo rozumiem o co chodzi…
Być może chodzi Ci o to:
Dostałeś przy aktualizacji nowe ustawienia brokera MQTT, bo inaczej po aktualizacji brokera, przestały by działać zdalne połączenia klientów mqtt z brokerem.
PS
Oczywiście jak chcesz mieć własną konfigurację systemu, inną niż ta którą my robimy standardowo przy automatycznej instalacji (po to żeby po aktualizacji działało samo bez potrzeby konfigurowania przez użytkownika), to nie rób automatycznej instalacji.
Możesz sam instalować ręcznie i konfiguruj składowe systemu. Jest wiele opisów na forum jak to robić ręcznie za pomocą apt, pip, pm. Aktualizacja automatyczna z AIS nie jest obowiązkowa.